Le GCLC est dirigé par un Conseil scientifique, un Comité exécutif, un Président et un Directeur. Ces organes sont assistés par un Secrétaire exécutif.

• Le Conseil scientifique examine l’orientation académique du GCLC, formule des propositions, évalue les activités du GCLC et contrôle sa situation financière. Il se compose du Président du GCLC, du Directeur du GCLC, des membres du Comité exécutif et d’un certain nombre de représentants ex officio du Collège d’Europe (notamment le Recteur, le Directeur du département juridique, le Directeur du département Économie et le Directeur du Service de Formation Exécutive, Training & Projets). Les membres actuels du Conseil scientifique sont : Jacques BOURGEOIS, Cristina CAFFARRA, Pascale DECHAMPS, Jacques DERENNE, Carles ESTEVA MOSSO, Damien GERADIN, Luc GYSELEN, Pablo IBANEZ, Assimakis KOMNINOS, Andrea LOFARO, Massimo MEROLA, Enzo MOAVERO MILANESI, Nicolas PETIT, Andrew RENSHAW, Jose RIVAS, Ben SMULDERS, Robbert SNELDERS, Bernard VAN DE WALLE, Denis WAELBROECK, Céline GAUER et Bernd MEYRING. Le Conseil scientifique du GCLC se réunit annuellement.
• Le Comité exécutif est chargé de la gestion opérationnelle du GCLC. Il statue sur ses activités futures (événements et autres initiatives), établit son budget, etc. Il est dirigé par le Président du GCLC et se compose du Directeur du GCLC, ainsi que de plusieurs membres du Conseil scientifique (dont un représentant ex officio du Collège d’Europe). Les membres actuels du Comité exécutif sont : Jacques BOURGEOIS, Pascale DECHAMPS, Jacques DERENNE, Inge GOVAERE, Assimakis KOMNINOS, Massimo MEROLA, Nicolas PETIT, Jose RIVAS, Bernd MEYRING, Denis WAELBROECK. Le Comité exécutif du GCLC se réunit mensuellement.
• Le Président est nommé par le Recteur pour un mandat de deux ans (renouvelable), sur proposition du Conseil scientifique. Il est chargé de représenter le GCLC à l’extérieur, de préparer l’ordre du jour et de présider les réunions du Comité exécutif. Il supervise les activités du GCLC et donne des directives au Directeur quant à sa gestion quotidienne.
• Le Directeur est nommé par le Recteur pour un mandat de deux ans (renouvelable), moyennant approbation du Conseil académique du Collège d’Europe et sur proposition du Conseil scientifique. Il assure la gestion quotidienne du GCLC, propose des activités au Comité exécutif et met en œuvre les décisions de ce dernier. Il fait également office de personne de contact pour les tiers.
• Le Secrétaire exécutif est nommé par le Recteur pour un mandat de deux ans (renouvelable), moyennant approbation du Conseil académique du Collège d’Europe et sur proposition du Conseil scientifique. Il assiste le Président et le Directeur dans la gestion quotidienne du GCLC.