Le programme académique en Études européennes interdisciplinaires est adapté aux évolutions économiques, politiques et sociales, ainsi qu'aux progrès technologiques, et ce chaque année.
Au deuxième semestre, les étudiants de Natolin peuvent choisir l'une des quatre filières thématiques, personnalisables en fonction des intérêts des étudiants :
| Affaires publiques et politiques de l'Union européenne | L'Union européenne et le monde |
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| L'Union européenne et ses voisinages complexes | Histoire et civilisation européennes |
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